प्रभावी शोध कार्यक्रमों का संचालन तथा इसके लिए उपयुक्त शैक्षणिक परिवेश के निर्माण की आवश्यकता को देखते हुए वर्ष 2016 में वाणिज्य विभाग की स्थापना की गई। विभाग का मुख्य उद्देश्य विषय गत रूप से उच्च शिक्षा तथा इससे जुड़े शोध में मौजूदा विसंगतियों को पाटना है। विभाग ने 30 विद्यार्थियों के साथ वर्ष 2016 में स्नातक कार्यक्रम बी.कॉम (प्रतिष्ठा) की शुरुआत की। अगले चरण में दूसरे वर्ष ही हमारे ऊर्जावान कुलपति, माननीय प्रो. संजीव कुमार शर्मा के सफल निर्देशन में विभाग में एम.कॉम (स्नातकोत्तर) कार्यक्रम का शुभारंभ किया गया, साथ ही विभाग में शोध को बढ़ावा देने हेतु वर्ष 2019 से इस विषय में मास्टर ऑफ फिलॉसाफी (एम.फिल) और डॉक्टर ऑफ फिलॉसाफी (पीएचडी) कार्यक्रम भी आरंभ किया गया। विभाग 21वीं सदी के आवश्यकतानुरूप विद्यार्थियों के ज्ञान और कौशल में अभिवृद्धि कर रहा है। इसके अलावा विभाग, हमारे ब्रांड एंबेसडर अर्थात् विद्यार्थियों की योग्यता एवं क्षमता को बढ़ावा देने हेतु अन्य शिक्षणेत्तर और सांस्कृतिक गतिविधियों की भी सुविधा प्रदान करता है।
वर्तमान में, वाणिज्य विभाग पंडित दीनदयाल उपाध्याय परिसर, चांदमारी, मोतिहारी में संचालित किया जा रहा है। विभाग के पास अच्छी तरह से सुसज्जित कक्षाएं और जिला स्कूल, मोतिहारी में एक केन्द्रीय पुस्तकालय है। यह उल्लेखनीय है कि विश्वविद्यालय का अपने प्रारंभिक चरण में होने से विभाग के पास न्यूनतम संसाधन है परंतु विभाग अपने उपलब्ध संसाधनों का इष्टतम उपयोग करता है। विभाग विद्यार्थियों को सर्वश्रेष्ठ और अद्यतन पठन सामग्री उपलब्ध करवाता है। वाणिज्य विभाग में प्रो. त्रिलोचन शर्मा, जो वर्तमान में विभागाध्यक्ष हैं, के कुशल मार्गदर्शन में न सिर्फ अपने देश में अपितु अंतर्राष्ट्रीय स्तर पर विभाग को वाणिज्य और व्यावसायिक शिक्षा के प्रतिष्ठित केंद्र के रूप में स्थापित करने की दिशा में अग्रसर है।